Museo Storico di Bergamo
Il Museo Storico di Bergamo si trova in Città Alta, allinterno della Rocca per la sezione espositiva ottocentesca (1797-1870), mentre gli uffici, la biblioteca, gli archivi sono collocati nellex convento di San Francesco che offre, anche, ampi spazi per manifestazioni e mostre temporanee.
Ledificio che ospita il museo vero e proprio, la cosiddetta Scuola Bombardieri, fu costruito dentro il mastio della rocca nel XV secolo durante la dominazione veneziana.
Museo Civico Archeologico
Il Civico Museo Archeologico, che si trova in piazza Cittadella n. 9 a Bergamo, si compone di diverse sezioni: preistorica, egizia, romana, paleocristiana e longobarda.
Il museo venne fondato nel 1561 ed ospitato nella loggia sotto il Palazzo della Ragione.
Museo Donizettiano
Il Museo Donizettiano è situato in Città Alta nel palazzo della Misericordia Maggiore, sede dell'Istituto Musicale Gaetano Donizetti.
Contiene ed espone cimeli donizettiani, tra i quali primeggiano gli arredi della stanza in cui l'artista morì.
Una ricca raccolta di ritratti, immagini e partiture completano le opere esposte.
Museo Diocesano Adriano Bernareggi
Il Museo Diocesano Adriano Bernareggi di Bergamo situato in Città Bassa nel palazzo rinascimentale Bassi Rathgeb contiene le raccolte del Vescovo Adriano Bernareggi.
Si tratta di un museo a carattere religioso che espone oggetti liturgici e di culto oltre ad alcune opere provenienti dal territorio bergamasco sempre a carattere religioso.